La principal hipótesis de la pesquisa apunta a que Stefanini no fue secuestrado y que desapareció en contra de su voluntad. El móvil de la desaparición estaría relacionado con una venganza por una deuda de casi cuatro millones de dólares que no pagó. La familia siempre negó la existencia de esa deuda.
Según la nota de La Nación, el empresario cambiaba cheques en la financiera, vinculada con el triple crimen de General Rodriguez, ocurrido en el año 2008.
El nombre de uno de los dueños de esa financiera apareció en la investigación por la desaparición de Stefanini, ya que le reclamaba una millonaria deuda. Aparentemente molesto por la actitud de Stefanini, que lo evadía, antes de su desaparición habría dicho en su entorno: «Con mi plata no se va a divertir».
